九九年四月二十日晚上九點鐘，中南海的紫光閣裏仍然燈火通明，中共中央政治局常委擴大會決定由中紀委在北京成立了「四二0調查組」。第二天賴昌星既飛往香港，以防被中央調查組扣留審查。賴昌星的妻子曾明玉也攜帶了不少現金和賴昌星的兒子，女兒一起飛往國外。但是，調查組初到廈門，卻對遠華公司採取了友善的態度，僅僅查處了一些小走私案，對遠華公司罰了幾百萬元，還放風說，遠華公司只要積極補稅，就可以不追究刑事責任。賴昌星在香港躲了四個多月，看到風聲不緊，就於八月初回到廈門。賴昌星一返回國內，立即被有關部門監控起來。正當賴昌星自覺沒事時，中央調查組卻決定要拘留賴昌星協助調查。
九九年八月八日，在中南海紫光閣，由江澤民主席主持，召開了關於遠華案的專項政治局常委擴大會議，這是共和國成立以來，首次就單一刑案召開的政治局常委擴大會。江澤民做出三項決定：一是立即拘捕遠華走私案首腦賴昌星；二是將廈門市委書記石兆彬調離廈門，升任福建省委副書記；三是將總參情報部長姬勝德少將調離該職，由副總參謀長熊光楷接管總參情報部。
八月十一日下午四點多，賴昌星正在廈門海濱白樓一面享受着冷氣，一面與女朋友說笑喝午茶。這時，他的手機電話響了起來，他聽後馬上一聲不吭，就和遠華公司總經理、曾任廈門湖里區副區長的洪鞏堤開上寶馬車到廈門機場。在去機場的路上，賴昌星又接到福建省公安廳副廳長莊如順打來的通風報信的電話。賴昌星迴答說：我四點半就知道了。
賴昌星在機場門口與等那裏的刑警大門機場邊防站的官中低聲說了幾句話，該官員就帶賴昌星從後面的通道進了禁區，直接上了飛機。不一會，飛機起飛了，這位涉嫌走私八百多億人民幣的「共和國第一案」的主角，就這樣逃離了中國。此後，廈門市少了一位「榮譽市民」，卻多了一位國際級的通輯犯。後來，莊如順供出中央要抓賴昌星的消息，是由接到該拘捕令的福建省公安廳警令部主任杜清森所提供。(http://renminbao.com)
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