國民黨正式確定敵後游擊戰是在1937年太原保衛戰前後。1937年9月國民黨河北守軍在涿縣戰敗，退守山西，部份軍隊奉命留在敵後開展游擊戰。在當年國民黨在武漢召開的軍事會議上，軍委會副總參謀長白崇禧更進一步建議，在戰術上「應採游擊戰與正規戰配合，加強敵後遊擊，擴大面的佔領，爭取淪陷區民衆，擾襲敵人，使敵侷促於點線之佔領。同時，打擊僞組織，由軍事戰發展爲政治戰、經濟戰，再逐漸變爲全面戰、總體戰，以收『積小勝爲大勝, 以空間換時間』之效。」白的建議爲蔣介石採納，並在此後的作戰計劃中明確提出。
事實上，參與國軍游擊戰的除了奉命留在敵後的正規軍，還有由國軍軍官、地方軍人、國民黨黨務人員所領導的民間武裝部隊。這些武裝部隊一直活躍在敵後，打擊並牽制日軍。
1940年前後，國民黨敵後游擊戰到達鼎盛時期，建立了一批抗日根據地，華北有太行山、中條山、呂梁山、恆山根據地，華東華中有沂照山區根據地、浙西根據地、皖東皖北根據地、大別山根據地、鄂東根據地、大雲山九宮山廬山根據地，華南有海南根據地。全部兵力約100萬左右。此後國軍游擊隊雖曾遭遇挫折，但資料顯示，抗戰游擊區除冀察、魯蘇戰區到抗戰後期不復存在外，山西遊擊區、豫鄂皖游擊區、浙西遊擊區、海南遊擊區等，則一直堅持到抗戰勝利。
在八年抗戰中，國軍游擊隊除配合正面戰場大型會戰和戰役外，還有一些比較典型的遊擊作戰的戰例，如鄭氏祠伏擊戰、突襲南澳島、呂梁山圍殲戰、攻佔黃梅、鄂東反掃蕩、馬當夜襲戰等。
1938年5月，湖北省第二行政區專員兼保安司令程汝佳令遊擊第5大隊、保安第8團的兩個營，配合第172師的兩個營，在鄭氏祠左右的高山佔領陣地，伏擊日軍。經過一天激戰，國軍遊擊部隊最終殲敵400餘人，活捉6人，繳獲槍支彈藥若干。
同年7月15日，國軍第157師一部突襲粵東的南澳島，一度得手，然而戰至8月末，600餘突擊隊員僅剩20餘人生還，南澳縣長洪之政殉職。此役殲滅日軍200餘名。
1939年2月，日軍出動2萬餘兵力進攻呂梁山北部根據地，閻錫山令第61軍於黑龍關圍殲頑敵，第19軍向中陽、離石公路之敵發起襲擊。此役消滅日軍2000餘人。
5月初，日軍以飛機10多架、軍艦16艘、汽艇數十艘，配合陸軍向湖北大通一帶掃蕩。5月19日，第21軍軍長陳萬仞指揮部隊與敵激戰10余天，將掃蕩之敵逼下長江。此役，擊沉汽艇20餘艘，斃敵900多人。
7月11日，鄂東遊擊隊集中主力圍攻黃梅縣城，擊斃日軍140多名，並奪取了縣城。
1940年秋，國軍第21軍147師組織了6個突擊隊，夜襲馬當要塞，斃敵150多人，焚燬了彈藥庫，並將要塞內的日軍大炮掉過頭來，對準江中的日軍艦船開火，擊沉、擊傷敵艦船多艘。此次夜襲戰，147師部隊沒有一人傷亡，此爲抗戰史上一大奇蹟。
而在敵後戰場殉國的國軍將官，亦達數百人，軍階較高的有：東北挺進軍騎兵第6師中將師長劉桂五、東北游擊隊總司令中將唐聚五、第5戰區第2路遊擊司令中將劉震東、蘇魯戰區政治部主任中將周復、第34軍暫編45師少將師長王風山、第98軍中將軍長武士敏、第51軍114師中將師長方叔洪等。
可以說，國軍游擊隊的存在，有效地起到了配合國民黨正面戰場、支持長期抗戰、牽制日軍並困擾其後方、協助國民政府恢復淪陷區政權、使淪陷區民心得到維繫的作用。這再一次戳穿了中共宣傳的惟有中共抗戰（游擊戰） 的謊言。