據北京媒體報導，在8月29號至9月4號一週的開學高峯期間，北京市新增甲型流感確診病例95例。然而，北京大學的一個確診病例並沒有通報。
9月9號，北京大學後勤管理部門的人士接受新唐人特約記者採訪表示，該校已確診一名女學生患甲型流感，目前已經隔離一個星期，校方沒有封鎖校區。
他說：「有一個，有一個已經隔離了，目前咱們學校情況還挺好的，沒有發現第二例，已經隔離一個禮拜了，她開學來了就隔離了。」
而北京大學校長辦公室一名官員否認該校已有確診病例，她說：「正常老師都發燒感冒，春秋換季，北京現在溫差很大，甲型H1N1流感，我們全校現在每個人都發了體溫計，體溫有異常的話，我們直接送到校醫院，有專門的樓隔離。哪裏有得的？」
另二位居住在北京大學校內的人士證實說，北大確有一個學生確診患了甲型流感，學校每天給學生量體溫。
北大醫學院的工作人員表示，現在衛生部等上級部門每天都會下發新的文件和工作安排，並組織醫生學習。目前來就診的部分同學生存在一定的恐慌心理。
北京大學金像藥店的工作人員介紹，8月底甲型流感疫情爆發以來，藥店的口罩和感冒常備藥一天內被搶購一空，之後銷量顯著上升，有的斷貨。目前市場上貨源緊張，沒有辦法補充貨源。
北京晚報報導說，8月28號下午5點，清華大學東主樓門前停着2輛急救車，車旁站着數名身着白色隔離服的醫護人員。該校計算機系一名大一新生被發現患有甲型流感，被送往醫院隔離。
據了解，這名新生來自上海。當晚6點，與該學生密切接觸的20多名新生和輔導員老師，被帶往隔離地點進行爲期7天的隔離觀察。2009級新生宿舍爲紫荊公寓2號樓，已進行全面消毒。
9月9號，清華大學校醫院一位人士表示，那名確診學生已被送到外面的醫院隔離。她說：「他一到我們校醫院首先得篩查，一篩查發熱就馬上進行鑑別診斷了，這一發熱馬上就查出來了，就得隔離了，上外頭去了，不在學校裏頭。」
一名校方工作人員透露，確診一名新生患有甲型流感後，學校甲型H1N1流感防控領導小組召開緊急會議，嚴格提高防控級別，避免學校出現大面積的爆發，尤其防止甲型流感波及參加十一遊行等活動的師生。
北京大學和清華大學的黨委辦公室和行政辦公室官員，接到新唐人特約記者電話時非常謹慎，表示如果是從外國打來的電話，他們甚麼也不能說。