此次審計還發現，預算編制不細化、批覆不及時等預算及財務管理不規範的問題亦涉658.58億元，其中2005年新發生的345.39億，佔52.4%。審計還查出違法案件線索 12 宗(涉案25人)，已移送司法機關和紀檢、監察等部門查處。
審計部亦查出科技部、中國科學院的部分科研經費被閒置或挪用。其中科技部歷年結餘資金11.96億未及時安排使用，包括科技部所屬交流中心等單位承擔的5個科研項目，自2003年以來一直未執行，項目資金1383萬元長期閒置。
審計公告還披露，部分單位擠佔、挪用、截留財政資金。包括髮改委動用公帑爲職工買商業保險、商品屋，信息產業部截留資金髮給職工，體育總局更動用公帑炒股等。
香港輿論指出，與前幾年李金華初刮審計風暴時相比，如今各部委對待審計報告的態度已有了天壤之別。比如國家體育總署已經多次被審計署曝光，存在這樣那樣的財政違規違法問 題，但今年的審計公告顯示，類似問題依然存在，而且十分嚴重。
輿論表示，中央部委擠佔、挪用、截留財政資金，用公款爲職工購買商業保險、商品房，部委官員挪用單位鉅額資金免費給私人企業使用，這樣的問題依然普遍存在。如此，人們不禁要問，審計風暴的意義究竟何在？