黃琦在接受BBC記者採訪時說，他自始至終都認爲，中共當局判處他犯有"顛覆國家政權罪"根本就不成立。
他在接受BBC和美國之音記者採訪時都表示：如果誰在中國這塊土地上爭取民主和自由，就把他說成是敵人，那我可以告明確地告訴他們（中共當局），我就是這樣的人，我會引以爲豪。
黃琦由於監獄生活條件惡劣，身患多種疾病。他希望能夠到成都去治病，但是當局強行把他送回鄉下。作家茉莉撰文披露道，這位因在1999年創辦的「天網尋人」網站報道人民疾苦、對政府提出批評而入獄的民間英雄，在經受五年漫長的獄中折磨之後，一回家就由於疾病纏身，而不得不臥床休息。
在獄中，黃琦因爲堅持要寫申訴，遭到毆打，被關了一年多的小號子，長期睡潮溼地板，造成他背部長瘡，傷痛不已，還患上了風溼性心臟病，經常頭痛，消瘦而臉部浮腫。
文章說，黃琦希望回到他妻子和兒子居住的成都去，以便檢查身體進行治療。這樣最正常合理的要求，卻遭到四川當局的拒絕。四川省公安廳要求黃琦的父母把兒子回內江的，還無理要求家屬配合對黃琦的管理。
除了不準回到自己的家，更令人氣憤的是，當局把黃琦在獄中寫作的幾十萬字的筆記強行搜走。黃琦很傷心，因此和警察說理爭論，但仍然未能拿回自己的獄中文字。
文章說，這五年來，黃琦那患病的妻子曾麗，帶着他們那個父親入獄時才十歲的男孩，受盡煎熬。因爲是黃琦的兒子，成都公立中學不讓孩子入學讀書，曾麗只好讓兒子讀私立學校。不敢對老師和同學說自己的父親是誰、在哪裏，這個小男孩因此變得憂鬱內向。現在，對孩子來說已經變得陌生的父親，終於出獄了。
儘管出了獄，擺在黃琦面前的道路，還是異常地艱辛。他首先要爭取回到成都自己家的權利，同時，一家三口的生計，醫療的費用，孩子的學費，都是嚴峻的問題。
文章說，但理想主義者黃琦的口氣仍然很堅定，他說：我將來仍然會發出聲音，我們這些有原則的人，不會放棄。
黃琦讓文章作者告訴大家，他感謝海內外一切關心他的人。在獄中惡劣的環境裏，他曾經千百次不想活了，但終於挺過來，因爲他知道有這麼多善良的人們還記得他、關心他。
文章作者和黃琦談到今天是六四，一個讓人刻骨銘心的特殊日子，黃琦說：「民主和自由，是勇敢民族的專利。六四過去16年了，政治專制至今還沒有改變，我們都有責任。」