據蘋果日報報道，事緣今年一月，鍾南山將廣東正在爆發一場不知名疫症一事，上報中央及衛生部；三月，他又公開否定非典型肺炎乃衣原體病毒引起這個官方的權威說法；到北京參加全國政協會議，當時廣東省當局仍禁止討論疫情，他卻在會上公開呼籲制訂緊急機制應付重大突發疫症，以及邀請外國專家協助。這些言論，事前都沒跟省領導打招呼。
當時，廣東當局正想方設法隱瞞疫情，鍾南山的做法顯然令他們陷入被動，疫情還未受控的祕密更可能因而曝光。「可惡」的是，廣州《南方都市報》也不理宣傳紀律，把鍾南山的「大膽言論」報道出來。江澤民安插在廣東的親信，省委書記張德江惱羞成怒，《南方都市報》受到整肅，同系的《南方週末》和《二十一世紀環球報導》均受牽連。後者更被「算總帳」，連同以前的「錯誤」而被勒令停刊。當然，鍾南山更不會輕易被放過。
消息人士指出，就在鍾南山三月底、四月初將要被整肅的時候，胡錦濤出手相救，將鍾南山接到北京。雖然這個說法過於戲劇性，但鍾南山得以脫離厄運，的確跟中央對待疫症的態度大逆轉有莫大關係。當時，胡錦濤和溫家寶意識到疫情嚴重性，正醞釀改變過去隱瞞疫情的做法。到四月底，總理溫家寶到曼谷出席東盟的非典特別 會時，還專程帶同鍾南山與會，而鍾在泰國的公開活動中，總坐在副總理吳儀身邊。
鍾南山，一個奉獻於胸肺傳染病的專家，一個以無比勇氣治療神祕致命傳染病的科學家，在二十一世紀的今天，卻因爲講真話而險遭打擊報復，實在讓人痛心！據悉，江澤民在廣東的嫡系人馬對鍾南山耿耿於懷，至今仍未有省內傳媒敢對其表示青睞，即使迫不得已出現零星讚揚他的文章，亦多是轉自中央媒體。