十六届三中全会的准备工作
为准备十六届三中全会，中共成立了三中全会筹备领导小组；并部署中央委员和党政负责人向全会提出意见和建议。筹备小组组长为胡锦涛，副组长为曾庆红、吴官正：组员有：刘云山、贺国强、曹刚川、吴仪、王刚、华建敏。
九月十五日，中共中央书记处下达通知：今年国庆假日期间，各省、部级党政负责人、中央委员、候补中央委员，一律不休假，集中学习有关将在三中全会上讨论的议题和中央领导的讲话。中央将分批安排这些官员上京，进行「工作座谈会」，以便消除分歧、统一思想。
政治改革是热点
全会共收到各省、部、中央委员、候补中央委员以党组织和个人名义提出的意见和建议共二百七十八份，一千三百多条，其内容集中在政治体制改革，特别是党政关系即以党治国还是以法治国的问题．另外，社会矛盾激化，特别是干部特权和三农危机引发社会不稳，是大家普遍忧虑的问题。
「共产党是社会发展的最大阻力」
在这些意见中，以省、部党委名义的大多流于「建议」；以个人名义提出的，则较为坦率、尖锐，涉及要害，如：「社会主义社会发展进程，最大的阻力是共产党自身，最大危机是共产党自身改革」；「政治体制不与时俱进改革，适应国情，又何谓实践三个代表思想」，「立党为公、执政为民，是检验共产党是合格不合格的人民政党的唯一标准」；「实践证明：主义、思想不能凌驾于法治、法制之上，更不能替代法制、法治精神，主义、思想应当有助于和体现法制、法治社会，体现出党政部门、党政领导干部是贯彻、遵守法制、法治的表率，体现出在法律面前人人平等」；「国家危机来自党的腐败和无法无天」……
法律是针对人民的管治武器
北京、天津等地区提出：各级党委、领导干部的当务之急，是要扭转「法律、规则是针对广大人民的管治武器」的习惯思维，要确立：国家的宪法、法律和规则，主要是对执政党、政府部门执法、守法的监察、限制和约束，保障、维护最广大人民合法权益和人权、自由的。
胡锦涛、吴官正等常委，都在这条意见上作了批示，并要求领导干部要理解和接受。胡锦涛的批示是：提出了一个极其重要、极其中肯、切中党的要害的问题。
十三个方面的意见
中央书记处将这一千三百多条意见，归纳成十三个方面：
一、把三个代表思想列入宪法，是否有必要性、合法性？
二、社会主义社会制度的优越性何在？（据知，有二百多条意见涉及到这一问题．有的省级干部问李长春，怎么回答社会上这一提问。李说：理论上你我都能回答；具体的那要考虑一下，现阶段，这是一个很棘手的问题。）
三、党的领导、领导权力和法律法制权力的关系。（用万里、乔石、李瑞环的话说，这一问题已经争议、定位，反复、搁置三代了，这一代应当有条件解决了。）
四、怎样确立对党、政府及领导干部工作、个人行为进行监督、检查的机制？
五、党政领导干部及配偶、家属公布经济来源和拥有财产机制的实施。（对此，江泽民、吴邦国、曾庆红等都持反对态度。他们的「理由」是：一公布就会引起社会大混乱，大家都把精力集中到干部的财产上，会有文革式的内战。）
六、关于现行党政考核、晋升机制和准则，实际实行上的问题。
七、关于民主党派人士担任省部行政正职的限制和合法性。
八、关于实施党代会行使党委职权的机制，党代表、党委成员由差额选举产生的机制。
九、关于城市职工工会的自主权，农村农民农会的建立及自主权。
十、关于示威、游行、集会等公民拥有的合法权利的维护和保障。（据知，今年一至九月，各省市有关团体、组织申请八百四十四次，仅批准了三十二次。）
十一、关于发展快地区要求中央在金融、经济方面放权，准许独立制订有别于其他地区的政策和规定。
十二、关于如何改变、缩小社会贫富收入悬殊、两极化问题。
十三、关于如何改变社会道德风气、精神面貌的问题。
《争鸣》10月刊