他的父親，前人大副委員長（這是非共產黨人士所能得到的最高位置）黃炎培。他不但沒有就勢攀緣，1950年代只短短一段與共產黨共事（39歲的他被委任爲東北水利總局顧問），就趕忙抽身退步回到學校。他以爲大學課堂可以只做學問，卻不知當局要求知識人的，並不是他們獨立的學識與見解。1957年鳴放中一篇小說（《花叢小語》），把他推到「偉大領袖」欽定的深淵。當年七月，人民日報爲「右派惡毒攻擊」專闢的一欄的題頭「什麼話」，就取自毛澤東對他小說的批語「這是什麼話？」。
這樣大的政治壓力，別人可能早找路子、求庇護，起碼也縮起頭躲躲災，他卻在國務院「徵求專家意見」、但誰都知道要捧蘇聯方案、而且工地施工其實已經開始的會上，獨自堅持「不可上」、爭辯七天。此後，在他警告的「黃河潼關以上將大淤」已經出現，他做不到冷眼旁觀，而是「頂著右冠，在工地勞動的業餘時間」，完成《論治理黃河方略》等論文。
他是清華最後獲得改正的「右派」，時年已經屆古稀。他沒有任何要求，只希望儘快投入工作：教書、著述，並有機會爲籌備上馬的三峽工程貢獻意見。他一心想的是中國的水資源，是河流、是土地和黎民，根本不知他的見解是會妨礙人家升官與發財的。決策不讓參加，教書總行吧？從78年開始要求，20年過去，到了 1998年大洪水，到了他已經89歲，才終於獲准給研究生授課。他換了一身白西裝，打上紅領結，莊重地走進教室。
他本可以在家安享天年，也可以隨子孫在國外享福。他不顧當政者的恨與嫌，一心只要工作。他的理由是：「我是公費留學生，百姓供養我學知識，我還沒能報答他們。」
在他時昏時醒極度疲乏的彌留期間，他的兩名畢業於1958年的得意門生，來病房探視。他們走後，黃萬里向守侯在一旁的老妻要筆紙，寫下以下文字：
萬里老朽手啓 予 敏兒及沈英夫婦弟妹：
治江原是國家大事，「蓄」、「攔」、「疏」及「抗」四策中，各段仍應以堤防「攔」爲主。長江漢口段力求堤固，堤面臨水面，宜打鋼板鋼樁，背面宜石砌，以策萬全。盼注意注意。
萬里遺囑 2001-8-8 手筆候存
這也是他留在世上最後的話，心頭念念的，是長江水患對策。
與此相對照的，是三峽工程上最爲黨所倚重的專家張光鬥。去年春，病中的張專家獲得三峽工程副總管郭樹言（總管爲總理）親切探視，過後將他的談話以「張光鬥同志關於三峽工程建設談話的記錄」文件形式報副總理、總理及全國人大委員長。
張專家也談到長江防洪。他說的是：「三峽的防洪庫容問題可能你們知道了，沒有那麼大。這個研究是清華作的，錢副主席知道後，把長江水利委員會找來問，他們也承認了。這也可以解決，無非把水位降到135米，影響幾天航運。但這件事在社會上公開是不行的。」
張光鬥只有碩士學位，而今是中國科學、工程雙院士。
沒有人敢爲黃萬里正式出書。他的一本文集，是去世前夕，學生們自費籌資排印的。
記得胡適有一句話總括當權者的「德行」：中國不亡，是無天理！