這項工程從立項、審覈、施工以來，不僅爭議不斷，反對聲浪此起彼伏，而且問題層出不窮。比如在環保、移民、安全、建築質量以及文物保護等方面，就常有不妙的消息傳到中南海。更讓朱鎔基頭痛的是預算大大超支。到目前爲止也只完成了主壩截流工程，耗資巨大的2期和3期工程還處在準備階段。然而資金已消耗近半。原來計劃整個叄峽工程需耗資800億元人民幣，現在則預估需要2,000億元人民幣。儘管如此，仍然不能滿足需要。去年，叄峽建設總公司曾要求國家增加撥款，但是被朱鎔基拒絕了。
這樣一個無底洞，怎能讓朱鎔基開心？令朱鎔基氣結的主要還不是錢，儘管他比任何時候都需要錢用來擴大其它投資、增加內需，而是工程質量以及移民過程中的貪污腐化。叄峽工程主體工程預計澆築混凝土總量2700多萬立方，現在完成的不過有400多萬立方，已發生了幾次大的質量問題。如:（一）作爲叄峽擋水大壩一部份的導流明渠壩身段，由於施工時壓力度不足、層面結合不良等原因，出現了48條裂縫；（二）左岸大壩11號非溢流壩段混凝土出現大面積架空，事故範圍涉及90多平方米；?叄）右岸大壩五號非溢流壩段澆築混凝土時，由於微機操作故障導致混凝土中水泥用量大大少於設計要求，強度根本沒有達到預定指標；（四）叄期擋水發電中發揮作用的堰內段，在進行壓行實驗時發現混凝土壩體滲水量嚴重超過設計標準。
這還只是開始，暴露出來的問題也只是一部份。隨着工程的延伸，天知道還會有什麼樣的險情出現？朱鎔基在政府工作報告中隻字不提，從另一個方面證明了他的憤怒與憂慮。在國家資金如此緊缺的情況，每年要拿出數百億元投入叄峽工程，建設者們本該抱定百年大計、千年大計的態度，實際情況則是不堪目睹。如果將這一耗資巨大的歷史性工程建成中國大陸最大的「豆腐渣工程」，豈不成了千古罪人？
壩區移民怨氣沖天
如果僅僅是這些問題倒還罷了，最令朱鎔基憤怒的是在移民過程中的貪瀆、投機、官僚、腐敗。原來計劃移民120萬，實際牽涉面卻達到1,000萬；原來計劃用於移民的安置費是150億元人民幣，現在已追加到700億元人民幣，還在叫嚷短缺。有專家估計，到2003年，僅用於移民的費用就會超過1000億元人民幣。那麼，國家花費這麼多的錢，卻換來了壩區移民的請願投訴、遊行示威。英國《星期電訊報》在今年稍早時候曾報導說，四川萬縣、湖北宜昌一帶的農民，被迫遷移但是卻又一無所有，紅頭文件裏答應的安置條件竟然有一大半成爲泡影。
四川隕縣的萬名村民上書中央，表示「發給當地農民的賠償金，根本不夠他們安家和從事再生產」，其原因是中間環節流失太多。他們警告說，「一旦爆發民變，中央政府即便是趕派京官南下處理，怕也無濟於事。」因爲，民心如水如瀾，一旦衝破堤壩，便一發而不可收拾。那麼，中間環節是如何流失的呢？換句話說，地方官僚和管理階層是通過什麼的辦法化公爲私的呢？
已知的情況是，他們利用職權或是向承包商索討賄金，或是把親戚登記爲居民，多報多領，或是虛報超額賠償金，無所不用其極。僅國家審計署官員就發現地方官僚侵吞安置費2億3,200萬元。去年12月，朱鎔基視察壩區時專門聽取了有關移民安置問題的彙報，下令革除了100多名貪官。問題是，革除一批貪官，還會冒出一批新的貪官，腐敗體制不改變，貪官當然不會絕跡。
從這個層面上講，即便是叄峽工程最後不會成爲「豆腐渣工程」，也一定會成爲貪污腐化的工程，因爲，這麼大投資，引得一個個大小官員垂延三尺，磨刀嚯嚯，那橫臥長江面上的超級大壩，本身就是一座腐化的溫床。
在中國大陸那樣的政治體制之下，有一個嚴令「不能一刀切」的「腐敗核心」作貪官保護傘，官員們能不腐敗嗎？反腐反腐，反反覆覆地腐。