这项工程从立项、审核、施工以来，不仅争议不断，反对声浪此起彼伏，而且问题层出不穷。比如在环保、移民、安全、建筑质量以及文物保护等方面，就常有不妙的消息传到中南海。更让朱镕基头痛的是预算大大超支。到目前为止也只完成了主坝截流工程，耗资巨大的2期和3期工程还处在准备阶段。然而资金已消耗近半。原来计划整个叁峡工程需耗资800亿元人民币，现在则预估需要2,000亿元人民币。尽管如此，仍然不能满足需要。去年，叁峡建设总公司曾要求国家增加拨款，但是被朱镕基拒绝了。
这样一个无底洞，怎能让朱镕基开心？令朱镕基气结的主要还不是钱，尽管他比任何时候都需要钱用来扩大其它投资、增加内需，而是工程质量以及移民过程中的贪污腐化。叁峡工程主体工程预计浇筑混凝土总量2700多万立方，现在完成的不过有400多万立方，已发生了几次大的质量问题。如:（一）作为叁峡挡水大坝一部份的导流明渠坝身段，由于施工时压力度不足、层面结合不良等原因，出现了48条裂缝；（二）左岸大坝11号非溢流坝段混凝土出现大面积架空，事故范围涉及90多平方米；?叁）右岸大坝五号非溢流坝段浇筑混凝土时，由于微机操作故障导致混凝土中水泥用量大大少于设计要求，强度根本没有达到预定指标；（四）叁期挡水发电中发挥作用的堰内段，在进行压行实验时发现混凝土坝体渗水量严重超过设计标准。
这还只是开始，暴露出来的问题也只是一部份。随着工程的延伸，天知道还会有什么样的险情出现？朱镕基在政府工作报告中只字不提，从另一个方面证明了他的愤怒与忧虑。在国家资金如此紧缺的情况，每年要拿出数百亿元投入叁峡工程，建设者们本该抱定百年大计、千年大计的态度，实际情况则是不堪目睹。如果将这一耗资巨大的历史性工程建成中国大陆最大的“豆腐渣工程”，岂不成了千古罪人？
坝区移民怨气冲天
如果仅仅是这些问题倒还罢了，最令朱镕基愤怒的是在移民过程中的贪渎、投机、官僚、腐败。原来计划移民120万，实际牵涉面却达到1,000万；原来计划用于移民的安置费是150亿元人民币，现在已追加到700亿元人民币，还在叫嚷短缺。有专家估计，到2003年，仅用于移民的费用就会超过1000亿元人民币。那么，国家花费这么多的钱，却换来了坝区移民的请愿投诉、游行示威。英国《星期电讯报》在今年稍早时候曾报导说，四川万县、湖北宜昌一带的农民，被迫迁移但是却又一无所有，红头文件里答应的安置条件竟然有一大半成为泡影。
四川陨县的万名村民上书中央，表示“发给当地农民的赔偿金，根本不够他们安家和从事再生产”，其原因是中间环节流失太多。他们警告说，“一旦爆发民变，中央政府即便是赶派京官南下处理，怕也无济于事。”因为，民心如水如澜，一旦冲破堤坝，便一发而不可收拾。那么，中间环节是如何流失的呢？换句话说，地方官僚和管理阶层是通过什么的办法化公为私的呢？
已知的情况是，他们利用职权或是向承包商索讨贿金，或是把亲戚登记为居民，多报多领，或是虚报超额赔偿金，无所不用其极。仅国家审计署官员就发现地方官僚侵吞安置费2亿3,200万元。去年12月，朱镕基视察坝区时专门听取了有关移民安置问题的汇报，下令革除了100多名贪官。问题是，革除一批贪官，还会冒出一批新的贪官，腐败体制不改变，贪官当然不会绝迹。
从这个层面上讲，即便是叁峡工程最后不会成为“豆腐渣工程”，也一定会成为贪污腐化的工程，因为，这么大投资，引得一个个大小官员垂延三尺，磨刀嚯嚯，那横卧长江面上的超级大坝，本身就是一座腐化的温床。
在中国大陆那样的政治体制之下，有一个严令“不能一刀切”的“腐败核心”作贪官保护伞，官员们能不腐败吗？反腐反腐，反反复复地腐。