聯邦調查局和聯邦航空局已經動員了一切力量，試圖確定這次空難是否和恐怖主義份子有關。
一位官員稱：「他們正在研究現有的資料，試圖發現飛機上究竟發生了什麼，但是就目前掌握的資料，很難判斷這次空難是否和恐怖襲擊有關。」
布什目前正在和顧問舉行緊急會議，研究空難的細節。紐約市長朱利安尼已經宣佈紐約進入高度警戒狀態，戰鬥機正在紐約上空巡邏。有媒體報道稱，帝國大廈已經疏散。
朱利安尼取消了當天上午的原定日程，趕往現場。他說：「人民應該保持平靜。我們正在經受又一次考驗，相信我們能夠克服眼前的困難。現在我們正在動員所有力量尋找倖存者。」
五角大樓的兩名官員透露，軍方並未向紐約地區派遣額外的空軍戰機。鑑於目前尚未有足夠的證據表明空難是一場恐怖主義事件，所以這一事件仍然主要由聯邦航空局負責處理。美國國家交通運輸安全委員會已經派遣了一個特別小組對空難進行調查。