下午6時，資陽地、市警方分別接到報案，公安處官處長立即指示：嚴密封閉現場，設卡堵截疑兇，同時向省廳緊急彙報。「九·四」槍殺案影響巨大，性質惡劣，省公安廳廳長呂卓指示，立即成立專案組，以「九·四」槍殺案爲突破口，撕開資陽黑社會性質案件的口子，重振資陽警威。地委書記陳光志等要求公安機關：不惜一切代價，全力偵破此案。1999年9月5日上午，省公安廳分管刑偵的副廳長吳健率刑偵局幹警趕到資陽聽取彙報並與專案組一道分析案情，爭取迅速破案。
經過大量調查走訪，案件終於有了初步結果：「九·四」槍殺案系綽號爲劉二娃、銀春、小山東、個耳朵等4人所爲。
據調查：本案的幕後指使餘茂學，綽號「學學」(32歲，1995年因盜竊罪被資陽市人民法院判刑3年)，餘在資陽是一個響噹噹的「人物」，他是資陽市水產公司副經理，承包了資陽市的許多水庫和資中縣的龍江水庫，1999年又成立了博通房地產開發公司，在資陽承包了多起建築工程，同時承包有磚廠、水泥廠等企業。幾年來，餘茂學只納稅3300多元，偷稅超過百萬元。
死者張旭東，綽號張老七，在資陽也是一個響噹噹的「人物」。1999年初，張旭東見餘茂學勢力發展迅速，已不像昔日爛仔那樣聽使喚。爲了壓一壓餘的威風，張旭東便以欠賭債爲由向餘茂學「借款」50萬元。餘沒有答應。張認爲不肯借錢，就是不給自己面子，張旭東惱羞成怒。於是他放出要把餘茂學「做了」的風聲。去年7月5日晚，張旭東指使爪牙張金樹(綽號枸杞)，僱請多次殺人的內江殺手段曉波(綽號蘋果)，持散彈槍在資陽海韻大廈外槍殺餘茂學，餘受輕傷。
餘茂學及其小舅子黃勝(綽號黃老幺)經打聽，認定是張旭東所爲，且得知張將再次下手，於是多次密謀先下手爲強打死張旭東。餘茂學指使黃勝、廖忠福3次到資中、內江僱請殺手。去年8月底，餘茂學指使廖忠福請殺手。廖忠福通過劉昌偉聯繫到劉洪兵(綽號劉二娃)、鄭銀春、李月剛(綽號小山東)、李俊(綽號個耳朵)，此四人均繫命案在身的罪犯。1999年8月30日，廖忠福租車到內江將餘茂學的5萬元定金交給了劉二娃，並要求儘快動手。
去年9月3日下午，餘茂學、劉昌偉、廖忠福、黃勝、朱家東(已被人槍殺)等聚集在某茶樓進行分工，一路由廖忠福找到偷車的張傑，囑其儘快「弄」一輛作案用的汽車。張傑立即帶領姚遠強和張德勇租車趕到成都，當晚就在紅牌樓盜竊了一輛車牌爲川A16890的普通型桑塔納轎車，連夜開回資陽交給廖忠福和黃勝，獲贓款一萬元。另一路由黃勝、廖忠福接待安置4名殺手。當天晚上，他們在資陽市某休閒村包廂內試槍，結果兩支帶消聲器的仿「五四」手槍不好使用，劉二娃便安排小山東連夜到成都換槍。同時，黃勝還向殺手提供了一支餘茂學使用的小口徑手槍和一支鋸短了槍管的散彈槍，並安排殺手在自己家中住宿。另一路由朱家東負責提供張旭東行蹤，整個行動由廖忠福負責協調。
1999年9月4日下午3時左右，朱家東發現張旭東等人在陶然茶樓喝茶。廖忠福即令張志在茶樓對面街上監視，4名殺手攜槍駕車等候在市工會門外街邊。
下午5時50分左右，劉洪兵、李月剛、李俊3人各持一支散彈槍，將張旭東打死，隨即由鄭銀春駕車強行衝關駛上成渝高速公路，將車丟在88公里加700米處，換乘事先停放於此的另一輛桑塔納轎車從資中銀山鎮下高速路從老成渝路逃到內江，並各自躲藏起來。案發後，專案組立即投入了追捕之中。今年3月14日，省公安廳吳健副廳長和刑偵局孫建明局長召集資陽、成都、內江三地警方在成都開會，要求加強配合協作，迅速收網。專案組調整部署，加大緝捕力度。
今年4月10日，專案組通過抓獲的犯罪嫌疑人，查清了劉二娃等人在隆昌的落腳地點和關係人鄭常剛的活動規律。發現鄭常剛在成都岷山飯店一帶活動。當天下午，專案組在成都岷山飯店一樓茶座布控。佈置停當不久，鄭常剛即從門外走進來，身後跟着一個夾黑色皮包、矮而壯實的青年。那就是黑道上惡名遠揚的殺手——「小山東」李月剛。鄭常剛剛走進茶樓，突然茶樓中有人喊了一聲：「山東，快跑！」。說時遲那時快，一民警一招擔肘擊襠將鄭常剛牢牢控制在地並戴上手銬。李月剛剛一轉身想跑，就被另一專案民警攔腰抱住。別看李月剛身高只有一米五，但泥瓦匠出身的他卻渾身蠻勁，拼命掙扎着拉開了黑色皮包。專案組3名民警配合默契，幾招漂亮的擒敵技術動作便將拼死掙扎的李月剛制服，整個過程不到一分鐘。當民警將其銬起時，他還又踢又蹦，目露兇光地對民警說：「你記到，我要殺了你們全家！」待民警撿起李月剛的黑皮包一看，好險，裏面有一支子彈上膛的「五四」式手槍和另一壓滿子彈的彈匣。在看守所裏，這個迷信哥們義氣的泥瓦匠，得知殺死張旭東餘茂學出的價是50萬時，他怎麼也不相信，因爲劉洪兵只分給他兩萬元。
「小山東」落網，讓專案組士氣大振。兩週後，又在成都成功地捕獲了廖忠福。但作爲「九·四」案件的主要策劃者，廖忠福在案發第3天就跑了，先後躲到成都、資中、威遠、自貢等地，專案民警數次追捕都撲了個空。
4月24日中午，專案組獲知廖忠福將在成都伊藤洋華堂商場露面。在成都市公安局刑偵局和春熙路派出所的協助下，專案組兵分幾路，將伊藤洋華堂商場全方位的封鎖，但未發現廖的蹤跡。正在此時，專案組又獲悉，廖忠福已到了附近的蜀熙賓館二樓茶房，即迅速調整警力，趕到蜀熙賓館二樓茶館，發現三男一女圍坐一桌喝茶，甚爲可疑。民警將其全部控制，就地突審，結果全是廖忠福的死黨。專案組當即安排民警守住大門，只准進不準出。而廖忠福這時在哪裏呢？原來，他租住在蜀熙賓館609房。10分鐘後，廖忠福外出窺視確認安全後得意地回到了二樓茶樓喝茶。剛坐下，即被專案民警擒獲。廖忠福被擒時，一言不發，他怎麼也想不通，潛逃8年竟然還是被網住了。
4月27日，在確鑿的證據面前，廖忠福徹底地交待了受餘茂學指使策劃了「九·四」槍殺案的全部過程。5月10日專案組又抓獲了黃勝。7月15日，另一殺手劉洪兵和一名非本案罪犯、但系省廳督捕逃犯張啓良一起逃竄到遂寧被警方包圍，張啓良困獸猶鬥被當場擊斃，劉被生擒。
正在專案組加緊收網時，主謀餘茂學也捱了黑槍，被打成殘廢，隨後畏罪潛逃。去年12月16日晚上8點過，兩名殺手分別持「五四」手槍和散彈槍，衝進精典茶樓，朝正在賭「跑得快」的餘茂學等人連開數槍。曹良軍被當場打死，餘茂學頭部、腹部、腿部連中幾槍，直腸被打斷，肛門被打爛，腎臟被打壞，股骨骨折，雖經搶救治療，仍需要依賴柺杖行走。
一年來，專案組馳騁13萬公里，橫跨四川、重慶、湖南三省市，涉足40多個市、地、縣調查取證，先後抓獲16名犯罪嫌疑人，擊斃一名殺手，繳獲軍用「五四」手槍3支、仿「六四」手槍1支、子彈58發、軍用手榴彈2枚、作案手機10部、汽車2臺及一批贓款贓物，沉重地打擊了犯罪分子的囂張氣焰。